La Universidad, cuenta con 15 Semilleros de Investigación y el Semillero Institucional de Investigación Formativa, también el programa de jóvenes investigadores. Su objetivo es promover en los estudiantes la capacidad investigativa y su interacción entre profesores e investigadores, con miras al fortalecimiento de la excelencia académica, el desarrollo social y el progreso científico de la comunidad.

En este Semillero pueden participar todos los estudiantes de pregrado desde los inicios de su formación académica. Es un espacio en el que confluyen los jóvenes por sus intereses investigativos y extra-curriculares.
El SIIF-UAM, al inicio de cada semestre académico, realiza un plan de actividades intra y extra murales, que se realizan con el fin de motivar la participación de estudiantes que recién ingresan a la Universidad a los 15 semilleros consolidados de la UAM para vincularse a proyectos, esto se da a través de la estrategia definida por el semillero que consiste en realizar dichas actividades con enfoque hacia la ciencia, la tecnología y la innovación y de esta manera fortalecer el pensamiento crítico y científico en los jóvenes. Las actividades se planean con antelación y se asignan
responsabilidades que contemplan: Contacto institucional con las personas encargadas de los sitios de visita, estrategias publicitarias, guías de visitas en caso de ser necesario y listas de asistencia.
Para asegurar una amplia participación, las actividades son divulgadas a través de diferentes medios de comunicación institucionales como portal web, correos institucionales y volantes informativos. Estas actividades son desarrolladas quincenalmente y además son apoyadas por la unidad de investigación, la coordinación del SIIF-UAM y el grupo de jóvenes investigadores.
Los Semilleros de Investigación consolidados tienen como fin la formación del pensamiento científico y crítico y el trabajo en red, estos semilleros se articulan a los grupos a través de un proyecto de Investigación. Su propósito fundamental es el acercamiento directo con la actividad científica, ya sea como investigador, co-investigador o asistente de investigación.
La Universidad Autónoma de Manizales hace parte de la Red Regional de Semilleros de Investigación del Eje Cafetero y del Valle - RREDSI que tiene como fin incentivar la investigación de carácter formativo en las instituciones educativas y promover, articular, fomentar, propiciar e impulsar la investigación y el desarrollo de la ciencia, tecnología e innovación a través de espacios de intercambio de conocimiento.